Il percorso espositivo si snoda su due piani (il pianterreno e la zona soppalcata), in dodici sezioni e nella luce artificiale di vetrine e faretti che, nella completa oscurità delle sale (tinte in azzurro al piano terra e in ocra al piano sovrastante), pone in risalto le opere e conferisce agli ambienti una nota scenografica.
Ha come chiave di lettura l'origine collezionistica della raccolta e la nascita del museo nel periodo post-unitario, epoca in cui gli Ispettori Onorari svolsero gratuitamente un ruolo chiave per la tutela del territorio nazionale.
Emerge l'attività dei tre Ispettori Onorari che operarono a Velletri e, in particolare, di Oreste Nardini a cui è intitolato il Museo.
Esiste un duplice itinerario didattico.
Il primo, rivolto a un pubblico adulto, è costituito da pannelli bilingui in cui sia i caratteri, sia la veste grafica, sia le citazioni testuali poste in apertura a ciascuno di essi rimandano allo stesso periodo storico e ai giornali dell'epoca, riportando fedelmente notizie , scoperte e commenti dell'archeologia locale del tempo.
Il secondo, ideato per i bambini, propone gli stessi temi in maniera più semplice e accattivante, con illustrazioni, giochi e quesiti che stimolano l'attenzione e la curiosità.
L'abbattimento delle barriere architettoniche rende il Museo accessibile a tutti sia al piano terra che a quello soppalcato.